Latvijas vēstures institūts pēc Latvijas valstiskās neatkarības atgūšanas
1991. gada 5. decembrī ar LZA Prezidija lēmumu mainīts institūta nosaukums – Latvijas Zinātņu akadēmijas Latvijas vēstures institūts.
1994. gada 1. janvārī Latvijas vēstures institūts atgriezās LU paspārnē. Sākotnēji kā atvasināta publiska persona, bet no 2016. gada 1. janvāra kā LU struktūrvienība LU Latvijas vēstures institūts.
Institūta vadība: līdz 1996. gadam – Indulis Ronis (1943–2016), no 1996. līdz 2002. gadam – Andris Caune, no 2002. līdz 2006. gadam – Jānis Bērziņš (1941–2017), no 2006. līdz 2020. gadam – Guntis Zemītis, kopš 2020. gada – Gvido Straube.
Institūta struktūra veidota atbilstoši galvenajiem pētniecības virzieniem vēsture, arheoloģija, etnogrāfija / etnoloģija, bioarheoloģija un dendrohronoloģija. Institūtā darbojas trīs krātuves – Arheoloģisko materiālu krātuve, Bioarheoloģisko materiālu krātuve, Etnogrāfisko materiālu krātuve – un Dendrohronoloģijas laboratorija. Neraugoties uz ilgstoši klātesošām finansiālām grūtībām, institūts centies īstenot tā Nolikumā definētos mērķus un uzdevumus, veicot pētījumus, balstoties arheoloģijas, antropoloģijas, etnoloģijas, dendrohronoloģijas un vēstures avotos un jaunākajās zinātniskajās atziņās un mēģinot kļūt par starptautiski atzītu un konkurētspējīgu institūciju Eiropas zinātnes telpā, komunicējot pētījumu rezultātus zinātniskajās publikācijās, studiju procesā un popularizējot zinātni.
Darbinieki: Z. Apala, J. Apals, Muntis Auns, M. Atgāzis, Margarita Barzdeviča, V. Bebre, T. Berga, I. Bērziņa, V. Bērziņš (vēsture), Valdis Bērziņš (arheoloģija), D. Bleiere, Renāte Blumberga, Guntars Catlaks, S. Cimermanis, L. Dumpe, Dzintars Ērglis, Guntis Gerhards, R. Grāvere, Mārīte Jakovļeva, A. Jansone, Ēriks Jēkabsons, Kārlis Kangeris, A. Karlsone, Uldis Krēsliņš, V. Kronis, Līga Lapa, Ainārs Lerhis, Inguna Liepiņa, Ineta Lipša, Ivars Ločmelis, I. B. Loze, Ilmārs Mežs, Ē. Mugurēvičs, Ieva Ose, Jānis Stradiņš (1933–2019), I. Šneidere, S. Tilko, L. Vanaga, A. Vasks, Vera Veilande, A. Vilcāne, R. Vīksne, I. Zagorska, A. Zariņa, Gunita Zariņa, Māris Zunde, Arturs Žvinklis un citi.
Institūta adreses: Rīgā, Mazā Kalēja ielā 10/12 un Akadēmijas lauk.1, kopš 2013. gada – Kalpaka bulv. 4, Rūpniecības iela 10 un Lielvārdes iela 24.
Darbojās Latvijas Vēstures institūta apgāds (1994–2021).
LVI nozīmīgākie izdevumi “Latvijas Vēstures Institūta Žurnāls” (atjaunots 1991), “Arheoloģija un etnogrāfija” (31 laidiens), “Senā Rīga” (10 sējumi), “Viduslaiku pilis Latvijā” (9 sējumi), “Arheologu pētījumi Latvijā …. gadā”, “Latvija 19. gadsimtā”, “20. gadsimta Latvijas vēsture” (divi sējumi), “Latvijas zemju robežas 1000 gados”, “Latvijas arheoloģijas rokasgrāmata” u .c.